Untuk mencapai visi sekolah tersebut perlu dilakukan suatu misi berupa kegiatan jangka pendek, jangka menengah, dan jangka panjang dengan arah yang jelas dan sistematis. Berikut misi SMP dan SMA Qur’an Darul Fattah dirumuskan berdasarkan visi sekolah.

1. Membina siswa agar memiliki akhlak islami baik di lingkungan sekolah atau diluar sekolah.
2. Menyelenggarakan pendidikan tahsin dan Tahfizh Al-Qur’an yang unggul secara kuantitas dan kualitas.
3. Menyelenggarakan pendidikan terpadu dengan mengintegrasikan ilmu pengetahuan Agama Islam dan saintek secara utuh.
4. Membina siswa agar memiliki kecerdasan yang integral (kecerdasan spiritual, kecerdasan emosional, kecerdasan sosial dan kecerdasan intelektual).
5. Membina siswa agar memiliki kemampuan saintek (IT software and hardware) yang unggul.
6. Menumbuh kembangkan potensi siswa sebagai pondasi pokok di jenjang pendidikan selanjutnya.